בית הדין הרבני הינו ערכאה שיפוטית ייחודית למדינת ישראל. בית הדין הרבני דן, בין היתר, בהיבטים הנוגעים להליכי גירושין בין בני זוג ולאור הסטטיסטיקה הגבוהה של זוגות המגיעים להליכי גירושים בארץ, אזרחים רבים ונורמטיביים עשויים להגיע לדיון בו.
כמו בכל סכסוך, גם בדיונים בבית הדין הרבני מוצגות לעיתים גרסאות סותרות לאירועים ע"י המתדיינים ובמקרים רבים מפנה בית הדין את הצדדים לבדיקת פוליגרף, לאישוש טענותיהם.
בית הדין הרבני על ערכאותיו השונות, בית הדין הרבני האיזורי ובית הדין הרבני הגדול, מקפיד כי מכון הפוליגרף בו יערכו הבדיקות לצדדים יהיה מכון מוכר ומקצועי ולעיתים קרובות נותן משקל משמעותי לממצאי בדיקות הפוליגרף שנערכו לצדדים בפסיקותיו. בחלק מהמקרים ייתן בית הדין משקל גם לבדיקת פוליגרף שנערכה לצד אחד, באם הצד השני בחר שלא לעבור את בדיקת הפוליגרף או במקרים בהם החליט בית הדין לשלוח רק את אחד מהצדדים לבדיקת פוליגרף.
הליך בדיקת פוליגרף בעבור בית הדין הרבני דומה במהותה להליך בדיקה לבתי משפט אחרים.
במרבית המקרים שולח בית הדין למכון הפוליגרף תקציר של הנקודות שבמחלוקת ואת השאלות עליהן הוא רוצה שתיערך בדיקת הפוליגרף. הצדדים מתבקשים להעביר למכון הפוליגרף את תמצית טענותיהם שמובאות בד"כ בכתבי הדין (כתב תביעה וכתב הגנה) ובפרוטוקול הדיון הרלוונטי בבית הדין.
לאחר תאום מועדי בדיקות הפוליגרף, יושב כל אחד מהצדדים בנפרד עם בודק הפוליגרף. בשיחה המקדימה לבדיקה מתבקש הנבדק להציג את גרסתו לגבי השאלות שבמחלוקת. בהמשך, מנוסחות השאלות לבדיקת הפוליגרף ועורך הבדיקה מוודא שהנבדק מבין את השאלות ויכול לענות עליהן בחיוב או בשלילה. בשלב הבא מחובר הנבדק למכשיר הפוליגרף ושאלות הבדיקה מוצגות בפניו מס' פעמים. בתום הבדיקה מנתח מומחה הפוליגרף את ממצאי בדיקות הפוליגרף ומעביר את הממצאים בדוח חוות דעת מומחה לבית הדין הרבני. במרבית המקרים מייחס בית הדין הרבני חשיבות מכרעת לממצאי בדיקות הפוליגרף ומתחשב בהן בפסיקותיו.